Последняя и самая трагическая по своим масштабам и методам депортация азербайджанцев из Армения проводилась в 1988-1991 годы. В отличие от депортации 1948-1953 годов, она по времени совпала с началом
конфликта вокруг Нагорного Карабаха, в силу чего отличалась особой жесткостью. Безысходность ситуации для азербайджанцев была связана с тем, что депортация осуществлялась при непосредственном участии
административных и правоохранительных органов Армении, которые пытались оправдать свои противоправные действия событиями в Сумгайыте в феврале 1988 года, а также исторической принадлежностью армянам
земель, на которых проживали азербайджанцы.
Основную часть азербайджанских беженцев из Армении составляли сельчане, которые были вынуждены оставить свои родные земли - пастбища, поля, сады, луга, где веками трудились их отцы, деды, прадеды. Лишь
небольшой процент изгнанных из Армении наших соотечественников составляли жители небольших промышленных городов и Еревана.
Длительное проживание рядом с армянами в качестве неполноправного меньшинства сплотило азербайджанцев. И хотя они ощущали себя в Армении второсортными гражданами и чужими среди армян, они владели
армянским языком и общались на нем так же свободно, как и на родном - азербайджанском. Но армяне постоянно давали им понять, что они для них чуждые «турки».
После начала депортации десятки делегаций азербайджанцев из разных районов Армении, тысячи отдельных граждан обращались в высшие органы власти, к руководителям партии и правительства, с тревогой сообщая о
проводимых против них актов насилия, просили предотвратить подобное беззаконие.
Униженные и оскорблённые, потерявшие близких и отчий кров, они ждали не возмездия, а справедливости. Однако все эти сигналы оставались без ответа и какой бы то ни было реакции. По данным Совета министров
Азербайджанской ССР, на 2 декабря 1988 года число беженцев из Армении в республике превышало 78 тысяч человек
[17] . По данным же Всесоюзной переписи населения СССР, проведенной
в 1989 году, в Армянской ССР все еще проживало 84 860 азербайджанцев, которые покинули Армянскую ССР к 1990 году
[18] .
Беженцы размещались во временных пунктах, откуда затем направлялись в места дальнейшего проживания. С изгнанием азербайджанцев из Армении возросли масштабы армяно-азербайджанского конфликта, в его воронку
оказалась вовлечена еще большая масса людей, значительно расширилась география конфликта с перспективой превращения в непосредственную конфликтную зону Баку и всех тех населённых пунктов Азербайджана, где
проживали армяне и где стихийно оседали беженцы.
В условиях, когда в массовом порядке грубо нарушалась Конституция СССР, в принятых решениях
советское руководство исходило из того, что лишь наказанием отдельных руководителей производств,
министерств, правоохранительных органов можно остановить сугубо политический процесс, по силе и формам подобный извержению вулкана
[19] . Содержание решений, принимаемых высшим
руководством в Москве, было ярким свидетельством того, что центральная власть неизменно следовала принципу уравнения ответственности сторон конфликта во всех критических ситуациях, вне зависимости от
того, кто инициировал конфликт, откуда появились первые потоки беженцев.
В Москве не поняли и недооценили гуманитарных, политических последствий произошедшей трагедии, ее неизбежную проекцию на все населённые пункты совместного, соседского проживания азербайджанцев и армян.
Данные события показали, что, независимо от намерений советского руководства, двусмысленный характер его политических и организаторских усилий, тактика равной ответственности сторон были одними из главных
причин того, что процесс стал неуправляемым, все больше провоцировал ожесточённую полемику между конфликтующими сторонами, вызывая рост недоверия к центральной власти с обеих сторон.
Таким образом, начиная с 1988 года и в течение целого ряда лет феномен беженцев стал неустранимым фактором политической и социальной жизни Азербайджана. По данным Госкомстата Азербайджанской ССР, к началу
февраля 1990 г. из Армении в Азербайджан бежали 186 тыс. азербайджанцев. Последний азербайджанец покинул Армению в августе 1991 года.